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                转录组学

                Transcriptomics

                转录组学
                转录组学
                转录∑ 组学是研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出所有 RNA 的学科,转录组测序是指利用高通量测序方法,研究特定的细胞、组织或个体在特定时间和状态下所转录出♀的所有 mRNA,用于揭示不同功能状态下的基因表达、结构的差异,阐明分子机制〖。

                应用领域

                医学研究:疾病标志物筛查、疾病的诊断和分型、疾病复发诊断卐、病因与病理机制探究、临床疗效评价、药物毒理学评价

                生命科学研究:非生物环境关系研究、植物与微生物、在表型鉴定中的应用、代谢途径及功能基因组研究、药用植物研究中的应用

                产品类型
                ● 真核转录组测∩序 ● LncRNA 测序 ● 原核转录组测序 ● CircRNA 测序
                ● 小 RNA 测序 ● 全转录组测序
                样本要求
                ● 动植物组织 ≥ 0.2g ● 细胞 ≥ 107 ● 真菌 ≥ 0.2g ● 细菌 ≥ 0.2g
                ● 液氮或 -80℃保存 ● 干冰运输
                案例分析

                视黄醇敏感的 Hoxb 簇维持正常造血和抑制白血病发生

                Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis

                期刊:Cell Stem Cell     影响因子:21.464
                发表时间:2018年     发表单位:美国斯托尔斯医学研究所

                研究背景

                Hox 基因调节造血干细胞(HSCs),在造血因子中重新获得的 Hox 表达参与白血病的发生。

                研究设计

                本文通过转录组和 DNA 甲基化¤分析,证实 Hoxb 簇和维甲酸信号基因主要富集在 LT-HSC 中,并且这种 Hoxb 表达的协同调♀节是由维甲酸依赖的顺式调节元件介导的。DNA 甲基转移酶介导 DNA 甲基化,导致 Hoxb cluster 表达降低。

                研究结果

                DNMT3A 突变的急性髓♀系白血病患者表现为低甲基化。CRISPR Cas9 介导的特异性 DNA 甲基化降低了 HOXB 的表达,减轻了白血病的发生。

                图 1 WT 和 DERARED 缺失的 HSC 细胞转录组测序

                图 2 Wnt5a 处理的 HSC 转录组分析

                结论

                这些发现证明了通过协调调节 Hoxb 基因,维甲酸信号和去鼠素在维持 HSC 和防止白血病发生中的作用。

                参考文献

                Qian P et al., Retinoid-Sensitive Epigenetic Regulation of the Hoxb Cluster Maintains Normal Hematopoiesis and Inhibits Leukemogenesis. Cell Stem Cell. 2018 May 3;22(5):740-754.e7