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                微生物多样性

                Microbial

                微生物多样性
                微生物多样性
                微生物多样性研究是指通过高通量测序等方法检测样本的微生物组成和丰〗度的方法。微生物多样性测序,也称扩增子测序,通过高通量测序,对原核生物 16S rDNA 或真核生◎物 18S rDNA/ITS/ 功能基因特定区域进行测序。与传统方法相比,无需纯培养,大大减少了研究的费用、周期并提◤升了物种丰富度。
                应用领域

                医学研究:疾病标志物筛查、疾病的诊断和分型█、疾病复发诊断、病因与病理机△制探究、临床疗效评价、药物毒理学←评价

                生命科学研究:非生物◣环境关系研究、植物与微生物、在表型︻鉴定中的应用、代谢途¤径及功能基因组研究、药用植物研究中的应用

                样本要求
                ● 土壤 / 污泥 / 沉积物 ≥ 3g ● 瘤胃液 / 发酵液 / 组织液 ≥ 3 ml ● 粪便 / 肠道内容物 ≥ 0.5g
                ● 液氮或 -80℃保存 ● 干冰运输
                案例分析

                粪便微生物和代谢组检测可区分♀肠易激综合征和胆汁酸吸收不良

                Differences in Fecal Microbiomes and Metabolomes of People With vs Without Irritable Bowel Syndrome and Bile Acid Malabsorption

                期刊:Gastroenterology     影响因子:19.233
                发表时间:2019年     发表单位:爱尔兰国立大◥学

                研究背景与目▲的

                Hox 基因调节造■血干细胞(HSCs),在造血因子中∮重新获得的 Hox 表达参与白血病的发生。

                研究设计

                收集了 80 例 IBS 患者 65 例非 IBS 患者(对照组)的粪便和㊣尿液样本,以及人体测量、医学】和饮食信息。对粪便々进行 16S 测序,对尿液≡和粪便代谢物进行气相色谱和液相色㊣谱 - 质谱分析。通过检测胆汁酸在腹泻患〗者中的滞留,发现胆汁酸吸收不良(BAM)。

                研究结果

                IBS 患者与对照组相比,饮食与粪便微生@ 物之间的网络联系有显著性差异,并伴有粪◣便代谢组的差异。不同 IBS 症∩状亚型患者粪便微生物组成无显著差异。粪便代谢组分可以区分 IBS 患≡者和对照组。IBS 患者和对照组之间的尿液代谢组也有显著差〇异。粪便代谢组▽可区分 IBS 患者是否伴 BAM。

                图 1 图文摘要

                图 2 基于多维度数据的可▂视化分析

                结论

                IBS 患者的尿液和粪便代谢产物还有粪便微生物群与对照组相比有显著差异,但患者的尿液和粪便代谢产物和粪便微生物群与对照组相比有显著差异,与 IBS 的症状亚型无关。粪便代谢组分析可用于区分有无 BAM 的 IBS 患者。这些发现可能被用来开发基于微♀生物的治疗这些疾病的方法。

                参考文献

                I. Jeffery et al., Differences in Fecal Microbiomes and Metabolomes of People With vs Without Irritable Bowel Syndrome and Bile Acid Malabsorption. Gastroenterology. 2019 Dec 13